Quel logiciel de comptabilité pour une boutique en ligne <em>dont les virements ne collent jamais</em> ?

Shopify te verse un montant, Stripe un autre, Amazon un troisième tous les quatorze jours. Aucun ne correspond à ton chiffre d'affaires. C'est normal, et c'est là que le logiciel se juge.

Un e-commerçant ne reçoit presque jamais le prix de ses ventes. Il reçoit un virement net : les ventes encaissées, moins les commissions, moins les remboursements, parfois moins un litige ouvert des semaines plus tôt. Si ton logiciel comptable enregistre ce virement comme une recette, ton chiffre d'affaires est faux, ta TVA aussi, et ton expert-comptable passe des heures à tout reprendre.

On a donc jugé chaque logiciel sur un seul fil : le trajet de l'argent, de la commande au relevé bancaire. Ce que son connecteur importe vraiment, s'il sait décomposer un virement, s'il range la TVA par pays, s'il valorise ton stock, et ce qu'il te coûte.

La réponse courte. Tu vends sur Shopify, WooCommerce ou PrestaShop et tu encaisses par Stripe ou PayPal ? Pennylane est le seul logiciel français de la liste qui importe les ventes de ces trois boutiques et calcule les commissions prélevées. Tu as du stock à valoriser et une petite équipe ? Axonaut, qui inclut le stock au coût moyen dans son abonnement. Tu démarres avec quelques commandes par semaine ? Tiime ou Indy suffisent, avec un import manuel bien fait. Tu vends sur Amazon dans plusieurs pays ? Lis notre encadré sur les connecteurs : aucun logiciel français de ce classement n'a de lien Amazon fiable.

Tous les prix sont hors taxes, lus sur les pages officielles des éditeurs en 2026.

Romain CochardCEO de Hack'celeration
Mis à jour 20266logiciels comptables classés pour l'e-commerce3connecteurs anglo-saxons passés en revue, hors classement10 000 €HT de ventes dans l'UE : le seuil du guichet unique de TVA

Le classement est éditorial : une place sponsorisée est toujours signalée sur sa fiche, et aucun lien affilié ne change une note.

En un coup d'œil

Les 6 logiciels comptables pour e-commerçant, côte à côte

La colonne « Ce qui arrive de la boutique » répond à la seule question qui compte au quotidien : qu'est-ce qui entre dans la comptabilité sans que tu le saisisses ?

Idéal pourCe qui arrive de la boutiqueOffre gratuiteTaille d'équipeVoir
1PennylaneMeilleur pour Shopify, WooCommerce et StripeVentes Shopify, WooCommerce, PrestaShop ; commissions Stripe et PayPal4.3/579 € par mois (Premium, en SASU, EURL ou EI)—Boutique en société, avec ou sans expert-comptableVoir →
2AxonautMeilleur pour le stock valoriséFactures et paiements Stripe, PayPal, GoCardless ; stock au coût moyen3.9/597 € par mois, 1 utilisateur inclus—Boutique avec stock et petite équipeVoir →
3TiimeMeilleur pour démarrerStripe et GoCardless en offre Business ; boutique par import ou Make4.1/5Gratuit, puis dès 9,99 € par mois✓Boutique de 0 à 5 salariésVoir →
4IndyMeilleur petit prix en sociétéBanque synchronisée ; ventes de la boutique par import4.3/549 € par mois en société à l'IS (Autonomie)✓Micro-entreprise ou petite société à l'ISVoir →
5OdooMeilleur tout-en-un boutique, stock et comptaShopify et Amazon par modules d'éditeurs tiers3.5/5Une application gratuite, utilisateurs illimités✓PME qui veut un ERP completVoir →
6Sage 50Meilleur si ton cabinet travaille sur SageShopify par un connecteur tiers ; le reste par import3.6/5Dès 18 à 21 € par mois selon l'offre—Boutique suivie par un cabinet équipé SageVoir →

Prix hors taxes lus sur les pages officielles en 2026. Chez Pennylane, le prix indiqué est celui de Premium, l'offre « Indépendants » ouverte aux EI, SASU et EURL, la seule avec le module comptable ; une société à plusieurs associés passe par une offre TPE sans prix affiché. Odoo est gratuit avec une seule application ; au-delà, l'abonnement se paie par utilisateur.

Ton outil n'est pas sur cette page ? Écris-nous : hello@hackceleration.com

Notre méthode

Comment on a comparé ces logiciels

Tape « logiciel de comptabilité pour e-commerçant » et regarde qui répond. Le premier comparatif classe dix outils américains, prix en dollars, et recommande QuickBooks, qui n'est plus vendu en France. Un cabinet en ligne présente surtout sa propre offre, sans un prix. Un autre guide liste les plateformes et la facture électronique sans nommer un seul logiciel. Aucun ne te dit ce que devient ton virement Shopify une fois arrivé en banque.

On est donc parti du flux d'argent. Pour chaque logiciel, nous avons lu la page officielle de ses intégrations et sa grille de prix, puis les avis de marchands sur les places de marché d'applications, en commençant par les mauvais. Un connecteur annoncé qui n'importe rien vaut moins qu'un bon import manuel : on l'a noté comme tel.

QuickBooks et Xero restent hors du classement. QuickBooks a quitté le marché français. Xero n'a pas d'offre française et ne produit pas la liasse fiscale française. EBP n'avait pas de grille lisible. Les connecteurs anglo-saxons (A2X, Link My Books, Synder) ne se branchent pas sur un logiciel français et n'affichent pas de prix en euros : ils ont leur encadré plus bas. La note affichée est celle de l'outil sur toutes nos pages ; le rang suit nos cinq critères pensés pour une boutique.

  1. Connecteurs boutique et paiementCe que le logiciel importe seul depuis Shopify, WooCommerce, PrestaShop, Amazon, Stripe et PayPal, et ce que les marchands en disent. C'est la ressaisie évitée, d'où le poids le plus fort.
    30 %
  2. Virement net décomposéLe logiciel sait-il séparer ventes, TVA, commissions et remboursements dans un virement groupé, avec un compte d'attente par moyen d'encaissement ?
    25 %
  3. TVA par pays et devisesTVA collectée rangée par pays de l'Union, ventes en livres ou en dollars. Le calcul et le dépôt du guichet unique sont jugés sur une autre page.
    15 %
  4. Stock et coût des ventesValeur du stock, coût des marchandises vendues, inventaire de clôture.
    15 %
  5. Prix pour une boutiqueLa facture mensuelle réelle, sur l'offre qui fait vraiment la comptabilité, pas le prix d'appel.
    15 %
6logiciels classés
3connecteurs passés en revue hors classement
2026grilles et pages d'intégration relues

Aucun lien affilié ne change une note ou un rang.

E-commerçants

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1
Meilleur pour Shopify, WooCommerce et Stripe

Pennylane

4.3/5

Pennylane est le logiciel comptable français le plus avancé sur l'e-commerce, et de loin. Il se branche sur Shopify, WooCommerce et PrestaShop et récupère les ventes chaque matin. Tu choisis ensuite le rythme d'écriture au journal des ventes : chaque jour, chaque semaine ou chaque mois. Pour une boutique à cent commandes par jour, l'écriture mensuelle évite de noyer le grand livre.

Côté paiement, il se connecte par API à Stripe et à GoCardless, et calcule les commissions que Stripe et PayPal prélèvent à la source. C'est exactement le point où les autres logiciels de la liste te laissent seul : le virement arrive net, et il faut retrouver les frais. Il range aussi la TVA collectée par pays de l'Union, utile dès que tu vends en Belgique ou en Allemagne.

Deux réserves sérieuses. D'abord Amazon : la page e-commerce de l'éditeur ne le cite pas, et des clients racontent une connexion vendeur qui ne remonte rien. Ensuite le connecteur Shopify lui-même : sur la boutique d'applications de Shopify, ses quelques avis sont mauvais, avec des marchands qui n'ont vu aucune donnée importée. Le logiciel comptable est apprécié, notamment pour ses rapprochements bancaires ; c'est le tuyau qui coince parfois.

Pour le prix, l'offre indépendant qui inclut la comptabilité coûte 79 € HT par mois. Les offres de société n'affichent plus de prix sur la grille : demande le montant par écrit, ou passe par ton cabinet, qui a souvent un tarif négocié.

Points forts
  • Import des ventes Shopify, WooCommerce et PrestaShop chaque matin
  • Commissions Stripe et PayPal calculées à l'import
  • TVA collectée rangée par pays de l'Union
+Avantages
  • ✓Le seul logiciel français de la liste avec trois connecteurs de boutique
  • ✓Rythme d'écriture des ventes au choix
  • ✓Très répandu chez les experts-comptables
−Inconvénients
  • ✗Aucun connecteur Amazon fiable
  • ✗Connecteur Shopify mal noté par les marchands
  • ✗Sans prix affiché à plusieurs associés
  • ✗Ni stock ni coût des ventes
Verdict

Notre premier choix pour une boutique Shopify, WooCommerce ou PrestaShop qui encaisse par Stripe. Pendant l'essai, branche ta vraie boutique sur un mois de ventes réel et compare le total importé au rapport de Shopify avant de t'engager.

Voir les tarifs Pennylane →
2
Meilleur pour le stock valorisé

Axonaut

3.9/5

Axonaut, éditeur français, n'est pas d'abord un logiciel comptable : c'est un outil de gestion qui réunit factures, petit CRM, trésorerie, achats et stock, avec des exports vers le cabinet. Pour un e-commerçant qui revend des marchandises, son atout est rare dans cette liste : le stock est inclus dans l'abonnement.

Ce module calcule la valeur du stock en temps réel au coût moyen pondéré, déclenche une alerte quand un produit descend sous son seuil, retire les articles du stock à l'émission du bon de livraison ou de la facture, et suit les lots, numéros de série et dates limites. À la clôture, ton cabinet a la valeur du stock sans inventaire refait à la main.

Le paiement en ligne des factures passe par Stripe, GoCardless ou PayPal. Pour la boutique elle-même, c'est plus mince. Une application Axonaut existe sur la boutique d'applications de Shopify ; pour PrestaShop et WooCommerce, il faut passer par Make ou Zapier. Ne compte pas sur Axonaut pour décomposer un virement Shopify Payments : ce travail reste à ton cabinet.

Le prix se lit facilement : 97 € HT par mois pour un utilisateur, 30 € par personne en plus, sans engagement si tu veux. Engage-toi trois ans et la remise de 40 % ramène l'entrée à 58,20 €.

Points forts
  • Valeur du stock au coût moyen pondéré, en temps réel
  • Sortie de stock au bon de livraison ou à la facture
  • Lots, numéros de série et dates limites suivis
+Avantages
  • ✓Le seul de la liste avec le stock valorisé inclus
  • ✓Grille simple, au mois possible
  • ✓Facturation, achats et trésorerie au même endroit
−Inconvénients
  • ✗Lien avec WooCommerce et PrestaShop par un outil tiers
  • ✗Ne décompose pas les virements des plateformes
  • ✗Plus cher qu'un logiciel comptable seul
Verdict

Le bon choix si ton problème principal est le stock et la marge par produit. Garde un logiciel ou un cabinet pour la comptabilité des virements, et lis notre comparatif des logiciels de stock si tes commandes partent de plusieurs entrepôts.

Voir les tarifs Axonaut →
3
Meilleur pour démarrer

Tiime

4.1/5

Tiime est une application française de comptabilité et de facturation, gratuite dans sa première offre. Pour une boutique qui démarre, c'est la façon la moins chère de tenir une comptabilité rangée, avec la banque synchronisée et les justificatifs rattachés.

Sa limite pour l'e-commerce est claire : on n'a trouvé aucun connecteur Shopify, WooCommerce ou Amazon chez Tiime. Les ventes de la boutique arrivent donc par import, ou par Make, l'outil d'automatisation que Tiime ouvre en offre Business. Même chose pour Stripe et GoCardless : leur intégration n'existe qu'en Business, à 24,99 € HT par mois tant que tu as au plus un salarié.

Dit autrement, le Tiime gratuit convient tant que tu peux rapprocher tes virements à la main. Dès que tu encaisses par Stripe tous les jours, l'offre Business devient le minimum, et le compte d'attente reste à tenir toi-même.

La grille dépend du nombre de salariés : de 2 à 5, Business passe à 39,99 €. Vérifie ta tranche avant de comparer.

Points forts
  • Offre gratuite pour tenir sa comptabilité
  • Stripe et GoCardless branchés en Business
  • Make ouvert en Business pour relier la boutique
+Avantages
  • ✓Gratuit pour commencer
  • ✓Prix bas même en Business
  • ✓Interface simple pour un non-comptable
−Inconvénients
  • ✗Aucun connecteur de boutique trouvé
  • ✗Stripe seulement en offre Business
  • ✗Ni stock ni TVA par pays décrits
Verdict

Parfait pour tes premiers mois de vente. Prévois de passer en Business le jour où Stripe devient ton premier moyen d'encaissement, et de changer d'outil quand l'import des ventes te prend plus d'une heure par semaine.

Voir les tarifs Tiime →
4
Meilleur petit prix en société

Indy

4.3/5

Indy fait la comptabilité de l'indépendant et de la petite société, bilan compris, avec la banque synchronisée et la catégorisation automatique des opérations. Sa grille se lit par statut : de 0 à 15 € HT par mois en micro-entreprise, de 49 € à 149 € pour une société à l'IS selon l'accompagnement voulu.

Pour l'e-commerce, Indy ne décrit aucun connecteur Shopify sur ses propres pages, et on ne lui en prête pas. Les ventes de la boutique s'importent, ou se saisissent depuis le rapport mensuel de la plateforme.

Son conseil sur Stripe vaut pour toutes les boutiques : traiter le solde Stripe comme un compte bancaire à part, un compte de transit rattaché à la banque. Chaque vente y entre, chaque commission en sort, et le virement vers ta banque solde le compte. C'est la méthode à appliquer, quel que soit le logiciel.

Indy convient donc à la boutique qui reste petite et veut un prix bas, pas à celle qui reçoit dix virements de plateforme par semaine.

Points forts
  • Bilan et liasse produits dans l'outil
  • Grille claire par statut
  • Méthode du compte de transit pour Stripe
+Avantages
  • ✓Gratuit en micro-entreprise pour démarrer
  • ✓49 € par mois pour une société à l'IS
  • ✓Fait pour se passer de cabinet
−Inconvénients
  • ✗Aucun connecteur de boutique
  • ✗Ventes à importer ou saisir
  • ✗Ni stock ni TVA par pays décrits
Verdict

Un bon choix pour une petite société qui vend peu en ligne et veut tenir sa comptabilité seule. Au-delà de quelques centaines de commandes par mois, la saisie des ventes te coûtera plus que l'écart de prix avec Pennylane.

Voir les tarifs Indy →
5
Meilleur tout-en-un boutique, stock et compta

Odoo

3.5/5

Odoo est un ERP découpé en applications : site marchand, ventes, stock, achats, comptabilité. Pour une boutique qui grossit, l'idée séduit : la commande, la sortie de stock et l'écriture comptable vivent dans la même base, sans connecteur entre deux logiciels.

Si ta boutique tourne sur Shopify ou Amazon, le tableau change. Les connecteurs vers ces plateformes sont des modules d'éditeurs tiers, vendus sur la boutique d'applications d'Odoo, et leur suivi dépend de la version que tu utilises. Vérifie que le module existe pour ta version avant de signer.

La méthode qui marche avec Odoo est celle des cabinets : un compte de compensation par moyen d'encaissement, et un rapprochement des virements, jamais des commandes une à une. C'est là qu'Odoo est solide : son rapprochement bancaire est fait pour ce travail.

Le prix d'entrée est nul avec une seule application. Dès la comptabilité ajoutée au stock, tout passe à l'abonnement par utilisateur, et l'intégrateur devient le premier poste de coût.

Points forts
  • Boutique, stock et comptabilité dans la même base
  • Rapprochement des virements par compte de compensation
  • Une application gratuite pour commencer
+Avantages
  • ✓Le plus complet de la liste
  • ✓Stock et coût des ventes natifs
  • ✓Pas de connecteur à payer si la boutique tourne sur Odoo
−Inconvénients
  • ✗Connecteurs Shopify et Amazon tiers
  • ✗Intégrateur souvent indispensable
  • ✗Abonnement par utilisateur dès deux applications
Verdict

À choisir si tu veux un ERP et que tu as le budget d'un intégrateur. Pour une boutique Shopify qui veut seulement une comptabilité juste, c'est beaucoup trop lourd.

Voir les tarifs Odoo →
6
Meilleur si ton cabinet travaille sur Sage

Sage 50

3.6/5

Sage 50 est le logiciel comptable historique des petites entreprises françaises, et beaucoup de cabinets l'utilisent encore. Pour un e-commerçant, son intérêt principal est là : travailler dans le même outil que ton expert-comptable, sans export ni format à convertir.

Sur l'e-commerce, Sage 50 ne fait rien seul. Shopify peut s'y relier par un connecteur tiers, Combidesk ; le reste arrive par import. Aucun calcul des commissions, aucune décomposition de virement : tu montes toi-même ton compte d'attente et tes écritures de frais.

Le prix d'entrée reste raisonnable, de 18 à 21 € HT par mois selon l'offre affichée par Sage, avec jusqu'à trois utilisateurs en Essentials.

Points forts
  • Le même logiciel que beaucoup de cabinets
  • Jusqu'à trois utilisateurs en Essentials
  • Shopify relié par un connecteur tiers
+Avantages
  • ✓Prix d'entrée bas
  • ✓Échange simple avec le cabinet
−Inconvénients
  • ✗Aucun connecteur de paiement
  • ✗Virements à décomposer à la main
  • ✗Connecteur Shopify payé à part
Verdict

À garder si ton cabinet est sur Sage et que tu as peu de commandes. Sinon, un logiciel qui importe tes ventes te fera gagner plus que l'écart de prix.

Voir l'offre Sage 50 →
Le virement net

Ce qu'il y a dans un virement de plateforme

Shopify Payments, Stripe et PayPal te versent un montant groupé, plusieurs jours après les ventes. Amazon règle tous les quatorze jours. Ce montant n'est jamais ton chiffre d'affaires : c'est un net. Voici comment un comptable le décompose, et ce que ton logiciel doit savoir faire.

Le calcul du virement

Le virement égale les ventes encaissées toutes taxes comprises, moins les commissions de la plateforme ou du prestataire de paiement, moins les remboursements, plus ou moins les litiges et rétrofacturations. Une rétrofacturation peut tomber des semaines après la vente. Si tu passes le virement en recette, tu sous-estimes ton chiffre d'affaires du montant des frais, et ta TVA collectée avec.

Le compte d'attente

La méthode des cabinets : un compte d'attente, ou de transit, par moyen d'encaissement. Les ventes y entrent au brut, avec leur TVA. Les commissions et remboursements en sortent. Le virement reçu en banque le solde. Si le solde ne revient pas à zéro après chaque virement, il manque une écriture. Pennylane calcule les commissions de Stripe et PayPal ; avec les autres logiciels, ce travail est manuel.

Commissions de marketplace et frais de paiement

Les cabinets rangent les commissions de marketplace et les frais des prestataires de paiement dans deux comptes distincts, car leur TVA ne se traite pas pareil. Une marketplace établie dans un autre pays de l'Union te facture souvent sans TVA, et tu l'autoliquides. L'abonnement Shopify, lui, arrive en facture mensuelle, à télécharger dans le menu Finance. Le choix des prestataires et de leurs frais est traité dans notre comparatif des passerelles de paiement.

La date qui compte

Une vente se comptabilise à sa date, pas à celle du virement. Un virement reçu en début de mois couvre souvent des ventes du mois précédent. Si ton logiciel écrit les ventes à la date du virement, ton chiffre de fin de mois est faux, et ta déclaration de TVA aussi.
  • Crée un compte d'attente par moyen d'encaissement : Shopify Payments, Stripe, PayPal, Amazon.
  • Rapproche chaque virement avec le rapport de rapprochement de la plateforme, pas commande par commande.
  • Range commissions de marketplace et frais de paiement dans deux comptes distincts.
  • Vérifie que les ventes s'écrivent à leur date, pas à celle du virement.
  • Télécharge chaque mois la facture d'abonnement de la plateforme.
  • Connecte PayPal à part : ses encaissements n'apparaissent pas dans les virements Shopify.
Hors classement

Les connecteurs et les logiciels que tu croiseras, et pourquoi ils n'y sont pas

Les comparatifs anglo-saxons recommandent un duo : un logiciel comptable plus un connecteur qui résume chaque virement. Le duo marche très bien, mais pas avec un logiciel français. Voici ce qu'il faut savoir avant d'acheter.

01

A2X : le résumé de virement pour Shopify et Amazon

Connecteur

A2X lit chaque virement Shopify ou Amazon et l'écrit dans ta comptabilité en une écriture résumée : ventes, TVA, commissions, remboursements, chacun sur son compte. Il propose un compte de TVA par pays et une option pour le guichet unique. Ses utilisateurs le notent très bien et saluent l'aide à l'installation. Le piège pour un Français : il se branche sur QuickBooks Online, Xero et NetSuite, pas sur Pennylane, Tiime ou Indy. Ses prix sont affichés en dollars seulement, abonnement Shopify et abonnement Amazon séparés, et une hausse est annoncée en 2026.

Logiciels compatibles
QuickBooks Online, Xero, NetSuite
Prix en euros
Pas de grille en euros
03

Synder : vente par vente plutôt que par virement

Connecteur

Synder synchronise les ventes une à une, là où A2X et Link My Books résument le virement. C'est plus détaillé, mais ton grand livre grossit vite. Il couvre Shopify, Amazon, Stripe et PayPal, pour QuickBooks Online et Xero, et NetSuite à partir des offres hautes. Prix en dollars seulement.

Logiciels compatibles
QuickBooks Online, Xero
04

Sqalie : l'analyse au-dessus de Pennylane

Complément

Sqalie se pose au-dessus de Pennylane pour suivre la marge par canal, les virements, les commissions et la ventilation de TVA par pays. Les cabinets spécialisés l'utilisent pour les boutiques à fort volume. L'éditeur n'affiche pas de prix : demande un montant écrit.

Prix
Sur demande
05

QuickBooks : plus vendu en France

Retiré

Beaucoup de comparatifs traduits de l'anglais le placent premier. Intuit a pourtant fermé QuickBooks aux nouveaux clients français en 2023, puis coupé l'accès. Les prix en euros qui circulent encore sont anciens. Si tu y étais, notre page pour quitter QuickBooks liste les remplaçants.

En France
Plus commercialisé
06

Xero : le socle du duo, pour une boutique tournée vers le Royaume-Uni

Autre marché

Xero est le logiciel que choisissent A2X et Link My Books en premier. Il n'a pas d'offre française et ne produit pas la liasse fiscale française. Il a du sens pour une société britannique qui vend au Royaume-Uni, pas pour une société française, sauf si ton cabinet reprend tout derrière.

Liasse française
Non
Astuces

Six réflexes qui rendent ta comptabilité de boutique juste

Le logiciel ne règle pas tout. La plupart des écarts viennent d'un virement mal lu ou d'un moyen de paiement oublié. Six réflexes tirés des cabinets e-commerce et des forums de marchands.

01

Sache quand passer à un connecteur

Volume

Les cabinets spécialisés font le même constat : jusqu'à environ 200 commandes par mois, un export mensuel bien rangé suffit. Entre 300 et 500 commandes par mois, la saisie devient intenable et un outil qui importe les ventes, ou une couche d'analyse comme Sqalie, s'impose. Compte tes commandes des trois derniers mois avant de choisir.

Seuil courant
300 à 500 commandes par mois
02

Essaie le connecteur sur un vrai mois

Avant d'acheter

Les avis de marchands sur les connecteurs disent tous la même chose : l'installation réussit, puis rien ne remonte. Pendant l'essai, importe un mois complet de ventes et compare le total au rapport de ta boutique. Un écart, et tu sais ce que vaut le connecteur.

Contrôle
Total importé contre rapport boutique
03

Vérifie la compatibilité avant A2X

Piège

Avant de payer A2X, Link My Books ou Synder, vérifie que ton logiciel est Xero ou QuickBooks Online. Aucun des trois ne se branche sur Pennylane, Tiime ou Indy. Un abonnement pris par erreur se rembourse rarement.

Compatibles
Xero, QuickBooks Online
04

Branche PayPal à part

Shopify

Les paiements PayPal ne passent pas par les virements Shopify Payments : ils arrivent sur ton compte PayPal. Si tu ne le connectes pas, une partie de tes ventes manque. Ouvre un compte d'attente PayPal dédié.

Compte
Un compte d'attente PayPal
05

Surveille les 10 000 €

Union européenne

Au-dessus de 10 000 € HT de ventes à distance vers d'autres pays de l'Union, tous pays confondus, tu factures la TVA du pays du client, déclarée par le guichet unique. Ton logiciel doit alors ranger la TVA par pays. Pour le calcul et le dépôt, lis notre comparatif des logiciels de TVA internationale.

Seuil
10 000 € HT par an
06

Prépare la facture électronique

Réforme

La réforme de la facture électronique est en place depuis 2026 : ton logiciel doit pouvoir recevoir les factures de tes fournisseurs par une plateforme agréée. Tes ventes aux particuliers ne donnent pas de facture électronique, mais leurs données se transmettent à l'administration. Une facture sortie de Shopify ne suffit pas : demande à ton éditeur comment il passe par une plateforme agréée, et vérifie ton calendrier sur impots.gouv.fr.

Réforme
En place depuis 2026
FAQ · 8 questions

Logiciel de comptabilité pour e-commerçant · FAQ

  • Shopify peut-il remplacer un logiciel de comptabilité ?
    Non. Shopify suit tes commandes, tes virements et ses propres frais, mais il ne tient ni grand livre, ni bilan, ni déclaration de TVA. Il te donne les rapports dont ton logiciel a besoin : le rapport de rapprochement des paiements et la facture mensuelle, dans le menu Finance.
  • Comment comptabiliser un virement Shopify, Stripe ou PayPal ?
    Par un compte d'attente propre à chaque moyen d'encaissement. Les ventes y entrent au brut avec leur TVA, les commissions et remboursements en sortent, et le virement en banque solde le compte. Si le solde n'est pas nul après le virement, une écriture manque : souvent un remboursement ou un litige.
  • Quel logiciel comptable se connecte à Amazon Seller Central ?
    Aucun logiciel français de notre classement n'a de lien Amazon fiable. A2X et Link My Books lisent très bien les règlements Amazon, mais seulement pour Xero ou QuickBooks Online. Avec un logiciel français, le règlement Amazon se saisit à partir de son rapport, par un compte d'attente Amazon.
  • À partir de combien de commandes faut-il un connecteur ?
    Les cabinets spécialisés placent le seuil entre 300 et 500 commandes par mois. En dessous d'environ 200, un export mensuel bien rangé suffit. Au-delà, la saisie coûte plus cher en temps qu'un logiciel qui importe les ventes, comme Pennylane.
  • Dois-je déclarer la TVA dans chaque pays où je vends ?
    Pas tant que tes ventes à distance vers les autres pays de l'Union restent sous 10 000 € HT par an, tous pays confondus : tu factures la TVA française. Au-delà, tu appliques la TVA du pays du client et tu la déclares par le guichet unique, depuis la France, sans t'immatriculer dans chaque pays.
  • La facture électronique concerne-t-elle mes ventes aux particuliers ?
    Pas sous forme de facture électronique. Tes ventes aux particuliers relèvent de la transmission des données de vente à l'administration, et c'est toi qui déclares, même si tu vends par une marketplace. Tes achats auprès de fournisseurs, eux, arrivent en facture électronique. Vérifie ton calendrier sur impots.gouv.fr.
  • Faut-il un expert-comptable pour une boutique en ligne ?
    Ce n'est pas obligatoire, mais c'est conseillé en société dès que tu encaisses par plusieurs plateformes. Indy permet de produire son bilan seul. Avec Pennylane, ton cabinet travaille dans le même outil que toi, ce qui réduit les échanges de fichiers.
  • Existe-t-il un logiciel de comptabilité gratuit pour e-commerçant ?
    Oui, Tiime Free et Indy Essentiel sont gratuits. Leur limite pour une boutique : aucun connecteur de boutique, et chez Tiime, Stripe n'est branché qu'en offre Business à 24,99 € HT par mois. Le gratuit tient tant que tu rapproches tes virements à la main.
Hack'celeration Lab

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